StarPrimer D´SignerUnser Kunde die IBA GmbH aus Göttingen produziert spezielle Kits für die Vervielfältigung von DNA. Für diesen Prozess benötigte die IBA eine spezielle Softwareanwendung, die neben dem üblichen Klonieren der DNA zusätzlich die Einbindung einer Mutation ermöglicht. Aufgrund dieser Fragestellung erstellten unsere Experten in enger Zusammenarbeit mit den IBA Wissen-schaftlern den Primer Designer, welcher folgende Arbeitsschritte vornimmt und Vorteile bringt: Der StarPrimer D´Signer berechnet aus einer vor-gegebenen DNA-Sequenz die spezifischen Primer, die es ermöglichen das PCR Fragment zu generieren und direkt in einen vorgegebenen Klonierungsvektor zu klonieren. Dabei werden Primer für beide Richtungen und die erwartete PCR-Fragmentgröße berechnet. Optional kann eine weitere DNA-Sequenz angegeben werden, die der ersten DNA-Sequenz entspricht, aber zusätzlich eine Mutation enthält. Je nach Mutation findet eine einfache oder zweifache PCR statt.  Startscreen des StarPrimer D´Signers Um die Zusammenstellung der Primer möglichst sinnvoll zu gestalten finden im Rahmen des Designs u.a. allgemeine Überprüfungen zu folgenden Fragestellungen statt:
Im Anschluss daran erfolgt nun die anwendungs-spezifische Berechnung der Primer, die im Nachhinein für die Bestellung gedruckt werden können. Dabei werden der Mutationsort, die benötigte Annealing-Temperatur sowie ungültige Basenfolgen berücksichtigt.  Eingabemaske des StarPrimer D´Signers In einer weiteren Ansicht können die Aminosäuren, die der DNA-Sequenz entsprechen, betrachtet werden. Dabei wird sowohl die Aminosäurekette für die Original-DNA-Sequenz als auch die Aminosäurekette für die Mutations-DNA-Sequenz dargestellt. Vorteile des StarPrimer D´Signers:
Stichworte: Life Science, Produktion, Klonieren, PCR, Reaction, Software, Aminosäuren, Sequenzen |
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